Der Orgelprospekt stammt von der ursprünglichen Orgel, erbaut 1754-56 vom Würzburger Hoforgelmacher Johann Philipp Seuffert. Im Jahr 1900 wurde das Seuffert’sche Werk beseitigt und durch ein Instrument von Franz Hochrein (Münnerstadt) ersetzt. 1935 ging das Hochrein-Werk in einem Neubau der Firma Michael Weise (Plattling) auf, wobei lediglich einiges Pfeifenwerk über-nommen wurde. 1979 erfolgten einzelne Veränderungen am Klang-bestand, insbesondere im Prinicipalchor. Das Instrument ist technisch und klanglich ein typisches Zeitdokument für den Umbruch von der romantischen zur Ästhetik der sog. Orgelbewegung. Die Disposition beginnt barocken Vorbildern nachzuspüren, kann jedoch ihre klangästhetischen Wurzeln in der Spätromantik nicht verleugnen. Michael Weise war früh von der Orgelbewegung beeinflusst, seine Orgeln tendieren zu einer obertonreichen Farbigkeit und bilden eine süddeutsche Variante des neubarocken Klangstils.
Bei der Orgel der Klosterkirche handelt es sich mit 26 Registern auf zwei Manualen und Pedal um das größte, rein pneumatische und technisch unveränderte Instrument im Landkreis Bad Kissingen.
31 Jahre nach der letzten größeren Arbeit und 7 Jahre nach der Kirchenrenovierung (2003) war nun eine gründliche Reinigung und Revision der Orgel dringend geboten.
Im Rahmen dieser Maßnahme wurden auch das pneumatische Traktursystem, das nach nunmehr 75 Jahren ohne wesentliche Ausfälle die Grenze seiner Funktionssicherheit erreicht hatte, die schadhaften Prospektpfeifen sowie der völlig abgenutzte Spieltisch einer gründlichen Generalüberholung unterzogen.
Mit den Arbeiten wurde die auf Orgelpflege und Restaurierung spezialisierte Firma Michael Stumpf aus Bad Kissingen betraut.